O GEPAAF tem por finalidades:
I – O estudo e a promoção da prática da Agroecologia nas produções de agricultores familiares, sobretudo, e em toda a sua plenitude e abrangência respeitando e aplicando as leis, decretos, normas e instruções normativas que dirigem as atividades da agricultura orgânica, da agroecologia e do meio ambente, bem como desenvolvendo suas próprias normas da produção orgânica;
II – Promoção e autocapacitação e capacitaçaõ de produtores familiares e não familiares organizados em grupo ou de forma isolada mas que compartilham de um bem comum ligado à agricultura orgânica, ou qualquer outro sistema que busque a produção agricola com respeito à natureza, através de projetos, programas, atividades subsidiadas por editais e outras formas que possibilitem a atuação da agroecologia juntamente com os produtores;
III – Promoção dos valores dos produtos orgânicos à população e a facilitação de abertura de canais e articulando um rede de orgânicos no máximo de abrangência possível dos mercados, de forma a gerar a comercialização permanente ou temporária de produtores ao consumidores;
IV – Defesa, preservação e conservação do meio ambiente e promoção do desenvolvimento sustentável;
V – Promoção do desenvolvimento econômico, social e cultural para o combate à pobreza;
VI – Experimentação não lucrativa de novos modelos sócio-produtivos e de sistemas alternativos de produção e comércio;
VII – Ratificador dos estudos e pesquisas, desenvolvimento de tecnologias alternativas, produção e divulgação de informações e conhecimentos técnicos-científicos que digam respeito à agroecologia de forma geral.